Bởi những nguyên nhân kể trên, trong các giai đoạn đầu và giữa của nhà Bắc Ngụy, Lục trấn rất được trọng thị. Các biên trấn đều đặt các chức Đại tướng cùng liêu thuộc, dưới Trấn là Thú, Trấn binh tuần hành bảo vệ Thú. Tướng lĩnh Lục trấn đều do quý tộc Tiên Ti đảm nhiệm, quân nhân đồn thú chủ yếu là người Tiên Ti, có cả con em các gia tộc lớn ở Trung Nguyên [5]. Chỉ xét riêng Ốc Dã trấn, thì Trấn tướng, liêu lại đã có hơn 800 người. Ngoài ra còn có dân tộc du mục là Cao Xa trên thảo nguyên Mông Cổ chịu sự áp bức của Nhu Nhiên, trước sau có mấy chục vạn người, trăm vạn bò, dê đến xin nội phụ, cũng được an trí ở khu vực Lục trấn, chia nhau đóng trại ở biên cảnh.

Nhưng từ năm Thái Hòa thứ 18 (494) về sau, Hiếu Văn đế dời đô đến Lạc Dương, coi trọng việc sửa sang Trung Nguyên, địa vị của tướng sĩ Lục trấn ngày càng kém đi. Con em quý tộc Tiên Ti chịu sự kỳ thị, khó lòng được thăng tiến. Về sau những người được phái đến tham gia đồn thú đều là tội phạm lưu đày hoặc tử tù, gọi là "phủ hộ", "binh hộ" cùng tướng sĩ Lục trấn gọi chung là "trấn hộ". Lại thêm những Trấn tướng mà triều đình phái đến phần nhiều là những kẻ tham ô, tướng sĩ biên phòng cùng các dân tộc thiểu số như Cao Xa phải chịu sự áp bức, bóc lột tàn khốc, sinh hoạt ngày nghèo khốn [6].

Năm Thái Hòa thứ 22 (498), người Cao Xa ở các trấn từ Hoài Sóc về đông bùng nổ cuộc bạo động với quy mô rất lớn. Hiếu Văn đế tạm dừng cuộc chiến với Nam Tề, trở lên phương bắc để trấn áp. Cuộc bạo động đã bị dẹp yên, nhưng Lục trấn cũng bị hủy hoại nghiêm trọng.

Trong những năm Chính Thủy (504 – 508), triều đình Bắc Ngụy tiến hành sửa chữa Lục trấn cùng Ngự Di trấn, sắp đặt các đồn thú, phân phong các chức tước, nhằm tránh nỗi lo về sau. Nhưng mâu thuẫn vẫn không vì vậy mà lắng xuống, năm Chính Quang thứ 4 (523), dân trấn Ốc Dã là Phá Lục Hàn Bạt Lăng dựng cờ khởi nghĩa ở Cao Khuyết thú, mở đầu phong trào khởi nghĩa Lục trấn[7]. Dân chúng không kể Hán – Hồ ở Lục trấn nhao nhao hưởng ứng. Sau khi nghĩa quân liên tiếp hạ được 2 trấn Vũ Xuyên, Hoài Sóc, triều đình Bắc Ngụy liên kết với Nhu Nhiên tiến hành đàn áp. Phong trào thất bại, hơn 20 vạn binh dân Lục trấn bị phân tán đến 3 châu Định, Ký, Doanh thuộc Hà Bắc. Đến đây, Lục trấn đã bị phế bỏ [8].